Ninin ga Shinobuden

A história gira em torno de Shinobu, uma aprendiz de ninja desajeitada que vai para a cidade para aprimorar suas habilidades ninjas.
Shinobu acaba se instalando na casa de Onsokumaru, um ser amarelo redondo e misterioso com tendências pervertidas. Lá, ela se envolve em várias situações cômicas e absurdas junto com outras personagens, como Kaede, uma estudante normal que se torna sua colega de quarto relutante, e Miyabi, uma ninja habilidosa que se veste de empregada.
Enquanto Shinobu tenta se tornar uma ninja de verdade, ela acaba enfrentando inúmeros desafios e inimigos, mas sua falta de habilidade e os eventos hilariantes que ocorrem ao seu redor levam a resultados imprevisíveis.