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A série é uma obra original que se passa no mesmo mundo virtual dos jogos da franquia '.hack'.

A trama acompanha Tsukasa, um jogador que fica preso no popular MMORPG "The World" e não consegue se desconectar do jogo. Ele não tem memórias do mundo real e é atormentado por uma estranha marca em forma de trevo em sua mão. À medida que Tsukasa explora o mundo virtual, ele cruza caminhos com outros jogadores e se envolve em eventos misteriosos. Conforme a história avança, os jogadores começam a perceber que eventos estranhos estão ocorrendo no mundo do jogo, incluindo encontros com personagens não jogáveis (NPCs) que demonstram comportamento humano. Além disso, um misterioso grupo chamado "The Twilight Brigade" está buscando respostas para os acontecimentos incomuns no mundo virtual.