Grisaia no Rakuen

A história começa imediatamente após os eventos de Grisaia no Meikyuu, com Kazami Yuuji tendo sido detido por suspeita de envolvimento com uma organização terrorista internacional, liderada por Heath Oslo, que conseguiu entrar na fronteira do Japão com uma nova arma devastadora de destruição em massa na mão. Enquanto isso, em Mihama Academy, o restante dos alunos encontram-se com o tempo se esgotando. Devido a problemas financeiros, a escola está definido para fechar dentro do mês. Durante o ano passado, porém, as meninas de Mihama finalmente começaram a encontrar suas próprias pernas, graças ao envolvimento de Yuuji. Elas estão realmente dispostas a deixar o homem que mudou suas vidas escapar sem sequer tentar reconquistá-lo? Como o fim do seu tempo em Mihama Academy se aproxima, Amane, Makina, Sachi, Yumiko e Michiru chegam a uma única conclusão.